El estuario de Bahía Blanca es el cuerpo receptor de los efluentes líquidos generados por las industrias de tercera categoría que controla el CTE. Por ello, el CTE implementa un sistema de vigilancia de la calidad ambiental del estuario, sus afluentes naturales y descargas antrópicas (no industriales). Con este fin se diseñan planes de monitoreo de aguas, sedimentos y organismos bioindicadores, que brindan información de los aspectos químicos, físicos, biológicos, microbiológicos con los que se evalúa la preservación de la calidad ambiental del estuario de Bahía Blanca.